《钢之炼金术师》是由日本漫画家荒川弘在2001年开始创作的漫画作品，并已经于2003年一度改编为同名动画的《钢之炼金术师》，当时由于动画播放追上原作漫画连载进度，为避免与连载中的原作漫画出现相互冲突，于是转为向原创故事发展，所以动画在剧情发展、剧情设定以及部分人物设定上均与原作漫画有一定的区别。本作动画剧情完全依据原作漫画的走向，但前期剧情由于与前作动画前期剧情有所重复，所以做了大量删减，只保留了剧情主线发展，所以并不会影响动画剧情的连贯性。